Death City es el hogar de la famosa Death Weapon Meister Academy, una academia técnica dirigida por el Shinigami, el mismísimo Lord Death. Su misión: levantar “Death Scythes” para que los Shinigami las empuñen contra los muchos males de su mundo fantástico. Estas Guadañas de la Muerte, sin embargo, no están hechas de armas físicas; más bien, nacen de híbridos humanos que tienen la capacidad de transformar sus cuerpos en armas demoníacas, y solo después de haber consumido las almas de 99 seres malignos y el alma de una bruja.
Soul Eater Evans, un Demon Scythe que solo parece preocuparse por lo que es genial, aspira a convertirse en Death Scythe con la ayuda de su empuñador, o meister, Maka Albarn. El dúo contrastante trabaja y estudia junto con el impetuoso Black☆Star y su cariñosa arma Tsubaki, así como con el propio hijo del Shinigami, Death the Kid, un obsesivo-compulsivo doble portador de pistolas gemelas Patty y Liz.
Soul Eater sigue a estos estudiantes de Shibusen mientras asumen misiones para recolectar almas y proteger la ciudad de las amenazas del mundo mientras trabajan juntos bajo el sol que se ríe disimuladamente para volverse más sanos en mente, cuerpo y alma.
